建設業の許可申請や更新の際に、いわゆる「不正の手段」によって申請した場合、違反行為を行った本人以外に、法人も罰則を受けるのでしょうか?

いわゆる不正手段とは、許可申請書及び添付書類に虚偽の記載をしたり、許可審査に関する行政庁の照会、検査等に対して虚偽の回答をすることです。
こういった不正の手段によって許可をうけた者は、許可の取消しと同時に3年以下の懲役または300万円以下の罰金に処せられます。

また、建設業法53条によって、違反行為を本人(代表取締役、代理人、従業員など)だけでなく、違反行為者が所属する法人や個人事業主も処罰されます。いわゆる両罰規定が適用されますので、絶対に嘘はだめです。